學校始建于1951年，前身是西南區(qū)川南醫(yī)士學校，1959年升格為瀘州醫(yī)學專科學校，1978年升格為本科院校并更名為瀘州醫(yī)學院，1982年獲得學士學位授予權，1993年成為碩士學位授予單位，2001年開始聯(lián)合培養(yǎng)博士，2004年起開展留學本科生學歷教育，2010年獲準設立博士后科研工作站，2015年更名為西南醫(yī)科大學。學校是推薦優(yōu)秀應屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士研究生資格單位，是四川省依法治校示范學校、四川省文明校園、四川省高等學校教育信息化示范學校。2014年被列入四川省新增博士學位授予單位立項建設規(guī)劃，2016年被列入立項建設單位。