研究性學習與常規教學有著許多根本性差異：
首先，常規教學是以大綱為依據，以教材內容為主要學習對象，教學活動均受大綱和教材的制約，其教學活動是以接受教材提供的知識為主要學習目的;注重知識及信息的積累，講究知識體系和學習的系統性，其接觸面相對較窄。而研究性學習則受研究對象的牽引，根據課題中出現的種種問題汲取相關知識，注重知識的實用性(而不注重其系統性);注重學會如何獲取知識，如何收集信息。
其次，常規教學活動中學生相對被動，教學模式多為教師示范在前，講解在先，學生模仿、識記隨后，考試是學習直接的主要的壓力或動力，教學活動的直接目的是通過考試或在考試中得到好成績。而研究性學習活動中學生的主動性相對較強，由于課題是學生自選的，面對研究過程中出現的各種問題，學生能夠根據問題情景的相關信息，尋求解決問題的知識。
研究性學習強調學生獨立自主的學習，但不是孤立地、自我封閉地學習相反，它需要良好交流研討的氛圍，來擴大學生的信息量，提高學生處理信息的能力，以及口頭表達能力、邏輯思辨能力等。它還需要一種良好的的競爭環境，來激發學生的進取意識，提高研究性學習效率，培養學生積極迎接挑戰的一種心態。因此，開展研究性學習活動時，還應注意做好組織工作，創造良好的氛圍。可以以兩張課桌為單位，每四人為一組，即便于課堂上組織討論交流，又能確保分工合作的效率(人太多，個人的發言機會、工作量就減少，且易于出現濫竽現象;人太少，信息交流量太少，不能形成研討氛圍)
此外，在指導研究性學習過程中，往往存在著許多無法預見的問題，如無法預料學生在匯報課題時會提出什么樣的觀點、什么樣的信息材料;無法預料其他會對他們提出什么問題;更無法預知他們會作何答辯。這就要求指導老師除預先熟悉該組研究課題以外，能在課堂上對各種分至杳來的觀點、信息、問題以及各種意想不到的情境做出盡可能恰當的調整和反應。這是指導研究性學習的一項重要的基本功，它要求指導老師無論出現什么問題、什么情境，都能積極引導學生運用所學的知識對各種信息、問題進行分析、比較、衡量;引導他們不斷研究課題，并把每一組課題研究中個人行為衍化成全班學生均能普遍得益的收獲。
從這個角度看，衡量研究性學習的指導是否成功，一個重要標準在于，通過教師的指導，學生是否時時都有了更深入的研究目標。