根本原因，張居正推行的改革觸犯了統治階層的根本利益。張居正推行的稅收政策為一條鞭法，收取稅收時，按每戶的人頭來收取，即是攤丁入畝。這樣一來，張居正在緩解農民和土地的矛盾之時，貴族階層他們便失去很多從中謀利的機會。當張居正的改革正在施行時，眼看自己的利益逐漸被剝奪了，他們便召集貴族階層對張居正的新政實行阻擋，張居正的新政便夭折了。
直接原因，明朝的財政已經積貧積弱很久了。在嘉靖和隆慶年間已是如此，張居正的改革需要的是一個長期的過程。除此之外，明朝不僅在經濟上有嚴重的虧損問題，軍事和政治上等各個方面都是如此。明朝的官兵很多，每年老百姓要交更多的稅來供養這些官兵，國家在糧食存儲方面也大大不如從前。
加上，明朝廷擁護張居正推行改革只有馮保和李太后，加上朝廷中，保守派的聲音蓋過了以張居正為首的改革派，在張居正改革的過程中，遇到了很多的阻礙，導致新政在施行過程中，難度很大。