學(xué)院下設(shè)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系、臨床醫(yī)學(xué)院、生物醫(yī)學(xué)工程系和公共健康研究中心，涵蓋了分子與細胞生物學(xué)、免疫學(xué)、腫瘤生物學(xué)、傳染病學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)、公共健康學(xué)與臨床醫(yī)學(xué)八大學(xué)科。 在臨床方面，清華大學(xué)華信醫(yī)院、清華大學(xué)玉泉醫(yī)院、北京清華長庚醫(yī)院是學(xué)院的附屬醫(yī)院，中國人民解放軍總醫(yī)院（301醫(yī)院）、北京醫(yī)院、中日友好醫(yī)院、北京積水潭醫(yī)院和北京神經(jīng)外科研究所（天壇醫(yī)院神經(jīng)外科）是學(xué)院的教學(xué)醫(yī)院。2016年12月，醫(yī)學(xué)院下成立臨床醫(yī)學(xué)院，將進一步整合基礎(chǔ)和臨床教學(xué)資源，提升臨床醫(yī)學(xué)博士培養(yǎng)質(zhì)量，建設(shè)住院醫(yī)師、專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地。
