馬來群島主要的氣候類型是熱帶雨林氣候和熱帶季風氣候。以下是部分舉例：
其中印度尼西亞群島所在地區受赤道帶影響，形成了典型的熱帶雨林氣候，氣候特點為全年高溫多雨，與此同時，受到地形等多種因素的影響，印度尼西亞群島也有部分地區為熱帶季風氣候。
另外，菲律賓群島所在地區形成了典型的海洋性熱帶季風氣候，氣候特點可以概括為全年炎熱、濕潤，年分二季，受季風影響明顯。
由于受到雨林氣候和季風氣候的影響，馬來群島所在地區的植被類型主要為熱帶雨林和熱帶季雨林，物種豐富多樣，森林資源豐富，各種熱帶經濟作物的適種使得馬來群島形成了重要的熱帶經濟作物產區，農業經濟的重要性顯著。