貸款發放機構不同：
生源地信用助學貸款的發放機構多為國家開發銀行的各地分支機構，也有地方銀行的參與(如黑龍江省的生源地助學貸款發放機構為哈爾濱銀行)。
國家助學貸款則由學校學生資助中心在全國學生資助中心招投標中標的銀行中選擇一家銀行發放。
發放形式不同：
國家助學貸款：一次申請、分期發放的方式，即學生可以與銀行一次簽訂多個學年的貸款，但銀行要分年發放;此外，繼續攻讀學位的學生還可在就讀高校再申請一筆國家助學貸款。
生源地助學貸款：按年度申請、審批和發放(即如果每年都需要生源地助學貸款，則每年都需要申請。
還款人不同：
國家助學貸款：學生償還，畢業后前三年內可自主選擇最長3年的還款寬期限，期間只需償還貸款利息，寬限期結束后按月或季償還貸款本金及利息。
生源地助學貸款：學生與家長共同負擔本息。