1、本州 (本島)
231,000 平方公里
2、北海道 (位于日本北方的島嶼)
83,000 平方公里
3、九州 (位于日本南端的島嶼)
42,000 平方公里
4、四國島
19,000 平方公里
5、擇捉島（俄控制著，日俄爭議）,北方四島中最大的島嶼
3182.65平方千米
6、國后島(俄控制著，日俄爭議)，北方四島第二大島
1498.56平方千米
7、得撫島（俄控制著，日俄爭議）
1400平方公里，位于北海道東北，擇捉島附近。
8、沖繩島
面積1182.5平方公里，日本九州南部沖繩諸島的主島，位琉球群島中央，群島中最大島嶼。 長106公里，最寬處31公里。。人口約94萬。北部為山地。
9、佐渡島，位于本州島以西的日本海
面積857平方公里。人口8.8萬。
10、奄美大島
面積709平方公里(274平方哩)，日本鹿兒島縣島嶼。是琉球群島北部奄美群島中最大的島嶼。多山地和森林
11、淡路島
面積593平方公里
日本瀨戶內海中最大島嶼。北為明石海峽，東為紀淡海峽，西南為鳴門海峽，南為紀伊水道，西臨播磨灘。，包括所屬小島共596.4平方公里。人口17萬
12、下島
面積574平方公里，位于日本九州島西部，長崎市南部，是天草群島中最大的島嶼
13、其它大島還有如種子島（500平方公里左右），屋久島（501平方公里），對馬群島等。