當土壤中含有害物質過多，超過土壤的自凈能力，就會引起土壤的組成、結構和功能發生變化，微生物活動受到抑制，有害物質或其分解產物在土壤中逐漸積累通過“土壤→植物→人體”，或通過“土壤→水→人體” 間接被人體吸收，達到危害人體健康的程度。
土壤污染的間接危害性：土壤中污染物一方面通過食物鏈危害動物和人體健康，另一方面還能危害自然環境。例如一些能溶于水的污染物，可從土壤中淋洗到地下水里而使地下水受到污染；另一些懸浮物及土壤所吸附的污染物，可隨地表徑流遷移，造成地表水污染；而污染的土壤被風吹到遠離污染源的地方，擴大了污染面。所以土壤污染又間接污染水和大氣，成為水和大氣的污染源。