學前身為1955年創(chuàng)建的山東省中醫(yī)研究所研究班和1956年創(chuàng)建的山東省中醫(yī)進修學校。1958年，經(jīng)山東省人民委員會批準創(chuàng)建山東中醫(yī)學院。1996年，經(jīng)國家教育委員會批準更名為山東中醫(yī)藥大學。
截至2020年7月，學校擁有三個校區(qū)，總占地2000余畝，建筑面積53.9萬平方米；圖書館館藏紙質(zhì)圖書203.9萬冊、電子圖書79.7萬冊、古籍善本近3萬冊；設(shè)置17個教學機構(gòu)、5個科研機構(gòu)、4個教輔機構(gòu)，有3所直屬附屬醫(yī)院、20所非直屬附屬醫(yī)院、22所教學醫(yī)院；擁有33個本科專業(yè)、3個博士后科研流動站、3個一級學科博士學位授權(quán)點、15個二級學科博士學位授權(quán)點、9個一級學科碩士學位授權(quán)點、46個二級學科碩士學位授權(quán)點；全日制在校生22000余人，其中研究生3500余人；有教職醫(yī)護員工3500余人，其中博士生導師176人，碩士生導師828人。