1、增值稅稅率不同
從2019年起一般納稅人的增值稅稅率有4檔：13%、9%、6%、0；小規模納稅人增值稅沒有稅率，只有一個征收率3%，特殊行業是5%。
2、計稅方式不同
一般納稅人增值稅抵扣計算=銷項稅額-進項稅額-減免稅額=應納增值稅；小規模納稅人增值稅直接計算=收入*征收率3%。
3、使用發票不同
一般納稅人可以自行開具增值稅專用發票和增值稅普通發票，也可以開具4檔稅率的增值稅發票，同時收票方也能抵扣13%-6%的進項稅額；
小規模納稅人只能自行開具增值稅普通發票，收票方不能抵扣進項稅額；小規模需要開具專用發票時，需要去稅局才能開具，只能開具3%的專票。
4、稅收優惠不同
一般納稅人在增值稅方面一般很少有優惠征策。但小規模納稅人在增值稅方面可以享受，季度收入30萬以免交增值稅的優惠征策，同時附加稅減半征收入的政策。