云南農(nóng)業(yè)大學(xué)歷史可追溯到1907年創(chuàng)辦的云南農(nóng)業(yè)學(xué)堂，1938年國立云南大學(xué)農(nóng)學(xué)院創(chuàng)辦，建址昆明市呈貢縣；1958年獨立建成昆明農(nóng)林學(xué)院，遷址昆明北郊黑龍?zhí)丁?962年滇南大學(xué)、滇西大學(xué)并入昆明農(nóng)林學(xué)院，1969年搬遷至大理州賓川縣，1970年遷至原曲靖地區(qū)尋甸縣，1971年與云南農(nóng)業(yè)勞動大學(xué)合并成立云南農(nóng)業(yè)大學(xué)，1980年搬回昆明北郊黑龍?zhí)丁?004年，云南省建筑工程學(xué)校、云南省香料研究開發(fā)中心并入云南農(nóng)業(yè)大學(xué)。2014年，云南熱帶作物職業(yè)學(xué)院并入云南農(nóng)業(yè)大學(xué)。
截至2020年12月，學(xué)校有校本部和五華校區(qū)、普洱校區(qū)、西雙版納校區(qū)，占地面積3803畝，占地面積253.52萬平方米，校舍面積65.31萬平方米，教學(xué)科研儀器設(shè)備總值36911萬元；下設(shè)22個學(xué)院，81個本科專業(yè)；有在職教職工1783人，其中高級職稱700余人，全日制在校生32620人，成人教育學(xué)生7504人，各類留學(xué)生近200人。